A Diretoria de Ensino é o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades referentes às dimensões de ensino em constante interação com as Diretoria de Pesquisa Pós-graduação e com a Diretoria de Extensão.
Atualmente a Diretoria de Ensino do Campus Cuiabá - Cel. Octayde Jorge de Silva é ocupada pela servidora Elisandra Regina Muxfeldt.
Compõem a Diretoria de Ensino os seguintes Departamentos e Gerência:
Departamento de Infraestrutura - Silvana Fava Marchezini
Departamento de Computação - Juliana Fonseca Antunes
Departamento de Engenharia Elétrica e Automação - Tony Inácio da Silva
Departamento de Gestão e Hospitalidade - Vicente Pedroso da Silva
Departamento da Área de Bases Comum - Kleber Roberto Lopes Corbalan
Gerencia de Ensino Médio - Julio Correa de Resende Dias Duarte
Gerência de Ensino Superior - Stela Silva Lima